illustratorで、レイヤー状態を保持したままPSDを書き出す機能があるけど、
illustrator上で透明度が設定されたパス等があると、レイヤーが統合された状態で書き出されてしまうので注意。
あぁもうこんなんで1時間も浪費してしまった。。。